La identificación y cuantificación algal en lagos, embalses y otros ecosistemas de agua dulce proporciona una imagen sencilla, actualizada y barata de la calidad del agua. Como los principales productores de los ecosistemas acuáticos, las algas juegan un papel esencial en el flujo de la energía y en los ciclos de nutrientes. Por otra parte, los blooms algales indican fenómenos de alteración, como la entrada excesiva de nutrientes, contaminación u otras alteraciones ambientales. De este modo, la caracterización de estos indicadores biológicos resulta de uso común en programas de vigilancia ambiental, debido a que sus poblaciones responden ante los cambios de la química del agua en periodos de pocos días o semanas. Además de lo comentado, hay que tener en cuenta que algunas especies de algas pueden llegar a ser problemáticas: olores o mal sabor del agua, descenso de los niveles de oxígeno, liberación de toxinas para la fauna y para el ser humano, cegamiento de tuberías, filtros y otros sistemas, etc., lo que puede suponer la aparición de gastos inesperados. La correcta identificación de la(s) especie(s) responsable será imprescindible para elaborar una estrategia de gestión del problema.
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¿Por qué incluir valoraciones de la comunidad de algas en estudios de calidad de aguas y de impacto ambiental?