Un embalse o una balsa de agua se comportan como un lago o una laguna, según sus dimensiones; esto es, puede desarrollar estratificación térmica a lo largo de un ciclo anual y presentar una capa superior cálida y otra profunda, más fría que, en función de la distinta densidad del agua, no consigan mezclarse durante los meses de verano, de modo que en la capa más profunda llegará un momento en que se agote el oxígeno. 

Por otra parte, si se dan las condiciones adecuadas para la proliferación algal puede ocasionarse una pérdida importante de calidad debido al desarrollo de especies algales no deseables, como las cianobacterias (con capacidad para producir toxinas) u otras que sin ser tóxicas producen olores o sabores desagradables (como Cyclotella y Dinobryon) que deterioran la calidad del agua de suministro. 

Además, la proliferación de estas algas va a generar tras su muerte natural un exceso de materia orgánica que, al descomponerse, consumirá el escaso oxígeno disuelto en las capas más profundas, o incluso el existente en las capas de agua más superficiales. La escasez de oxígeno generada (hipoxia) o su total ausencia (anoxia), puede llevar asociada la formación de compuestos no deseables como sulfhídrico, metano, …, y la solubilización de sustancias como metales, fósforo, etc., que también deterioran la calidad del agua almacenada.